Sungai Charok Sebapin berpunca di Bukit Ketapang (atau Bukit Kaptnang), dengan anggaran ketinggian dari atas min aras laut mencecah 220 meter (721.8 ka). Sumber sungai Charok Sebapin terletak hanya di barat laut kawasan perkampungan Kampung Pumok, dan tenggara dari Kampung Kelian Pintu Wang di Mukim Batang Tunggang Kiri, dan terletak berdekatan dengan sumber saliran lain seperti Charok Batu Hitam. Charok Sebapin akan membuat pergerakan dengan ke arah tenggara, di samping menelusuri kawasan perhutanan kelas Hutan Dipterokarpa Pamah. Charok Sebapin akan tamat di pertemuan antara Sungai Agon, di sebuah tanah perkuburan Kampung Pumok, di ketinggian dari aras laut iaitu 131 meter (429.8 ka).[3][4]